Ngày 16 tháng 12 năm 1964, tách 3 xã: Bảo Hà, Kim Sơn, Cam Cọn thuộc huyện Văn Bàn để thành lập huyện Bảo Yên; tách 6 xã: Phong Dụ, Đông An, Lâm Giang, Làng Thíp, Châu Quế Hạ, Châu Quế Thượng của huyện Văn Bàn để thành lập huyện Văn Yên.[4]

Sau năm 1975, huyện Văn Bàn có 18 xã: Chiềng Ken, Dần Thàng, Dương Quỳ, Hòa Mạc, Khánh Yên Hạ, Khánh Yên Thượng, Làng Giàng, Minh Lương, Nậm Chày, Nậm Mả, Nậm Dạng, Nậm Tha, Nậm Xây, Nậm Xé, Sơn Thủy, Tân An, Tân Thượng, Võ Lao.

Ngày 12 tháng 2 năm 1987, chia xã Dần Thàng thành hai xã lấy tên là Dần Thàng và xã Thẩm Dương; chia xã Khánh Yên Hạ thành hai xã lấy tên là xã Khánh Yên Trung và xã Khánh Yên Hạ; chia xã Chiềng Ken thành hai xã lấy tên là xã Chiềng Ken và xã Liêm Phú; chia xã Võ Lao thành hai xã lấy tên là xã Võ Lao và xã Văn Sơn.

Tháng 10 năm 1989, thành lập thị trấn Khánh Yên, thị trấn huyện lỵ huyện Văn Bàn trên cơ sở một phần diện tích và dân số của xã Khánh Yên Thượng.

Ngày 11 tháng 2 năm 2020, sáp nhập xã Văn Sơn trở lại xã Võ Lao.[5]

Huyện Văn Bàn có 1 thị trấn và 21 xã như hiện nay.